骷髅洞穴的入口在到达沙漠之后,往左上的角落里面走就可以看到一个山洞,刚解锁沙漠的时候里面有个门是无法打开的,这里需要先去往最先开始的普通矿洞里,然后一路打到120层有个宝箱,在这里面先拿到一个头骨钥匙之后才能去开门。矿洞的类型机制都差不多,骷髅洞穴也需要进去通过挖石头或者杀怪,才有概率刷出通往下一层的楼梯。
不过采矿的等级到了2级之后,还可以用99块石头来直接做一个楼梯,做出来的楼梯可以在矿洞里面原地铺设,然后直接通往下一层。不过从这个矿洞开始难度也往上增加了,在骷髅矿洞里是没法保存下过的层数的,每次失手死亡或者退出回家之后,下一次过来都要从最上面的第1层重新开始往下跑。
在这个洞穴里面的时间会比在外面流逝的慢一些,原来的时间换算是游戏里的1小时等于外面现实的43秒,而在骷髅洞穴里面探险的时候,一个小时会变成现实时间里的54秒。这个效果在开多人游戏和史前层数上的时候,时间会恢复到正常的43秒换算,在里面探索的时候偶尔可以在地上找到一个坑洞,从这个坑洞里面跳下去,可以一次性下3-15的层数。在生成下去的梯子时,会有百分之二十的几率变成坑洞,每次可以下降的层数都是格局游戏内玩了的天数,矿井下到了的层数以及游戏开始时的种子先开始就确定好的。
运气方面的数值不会影响到这个能跳下去层数的概率,一层里面就算运气好能找到好几个坑洞,但是能下降的层数依然都会一样,跳下去也是会有负面效果的,那就是会减少相当于跳下去的层数乘三倍的血。不过不用担心会摔死,不管受到多少伤害,掉下来后都会保留1滴血。并且在平常没有达到100层但是比较接近了的时候,如果找到了一个可以判定层数积累到100层后的洞穴,那么系统会直接将自己送到100层。