避难所可能发生的灾难有内部和外来两种,其中内部灾难发生的频率更高,每种灾难都有应对方法。最常见的就是某个房间里发生火灾,如果长时间没有处理的话火势会蔓延到其他房间造成更多的损失。因此玩家需要在每个房间里都安排居民,这样他们才能及时发现火灾并给出提示。另外每层要安排一个特殊居民,这样他们才能快速去处理火灾防止蔓延。辐射蟑螂都是成群出现,但是最多不会超过五只,而且它们的防御很低造成的伤害也很少。
因此大部分拥有武器的居民都可以轻松解决它们,就算被它们咬伤只需使用治疗针就能保证居民的生命安全。辐射蝎子的危害就比较大了,而且非常难以处理,一旦出现很大概率会造成居民的死亡。因为蝎子的防御和攻击都很高,普通居民就算有武器也打不死它,需要用高级武器才能快速消灭。而且如果没有在它出现时及时处理,它会快速跑到其它层里的随机房间里,只有普通武器的居民根本追不上。而且它能够轻松咬死这些居民,死亡居民的尸体可以用瓶盖复活。裸鼹鼠的危害算是中等水平,它的攻防也是中等水平,每次出现会有三到四只一起行动。如果给居民装备了稀有武器就能自动杀掉它们,只有普通武器的话需要在前期集火它们。
剩下的几种灾难都是外来灾难,外来的敌人会闯入避难所里伤害里面的居民。危险性最低的外来灾难是劫匪,通常是三个劫匪一起出现,它们会从入口往第一层的房间里走,但是身上的武器只有攻击力很低的普通武器。另外它们的防御也很低,只要给第一层的居民配备一些普通武器或者稀有武器就能应对。野生食尸鬼的实力和劫匪差不多,但是它们同时出现的数量更多,而且移速和破门的速度也更快。建议在大门处安排两个武装居民守门,然后给一层的居民带上武器。
接着是应对难度更大的外星人,它们不仅实力比劫匪更强,数量也比劫匪多。应对的方法和食尸鬼差不多,但是居民使用的武器需要换上攻击更强的稀有武器。最后一种是危险性非常高的死爪灾难,它需要辐射所有强大的实力才能应对,一般发展到后期才能应对它们。如果中期不幸遇到死爪的话避难所里的居民基本会被它们杀光,但是它的生成有条件。当避难所里的居民数量超过50后才有概率出现死爪,并且人数越多出现的概率越大。