在神武阁里有很多个区域,玩家需要先从第一区域往后面进行挑战,进入区域后要从第一层打到第18层才能通关这个区域。每一层由多个相邻的六边形格子组成,玩家会站在地图一端的格子里,并点亮周围的格子。只有被点亮的格子才能上去,有些格子里有助战卡,使用后上面的增益可以帮助玩家打败地图里的敌人。还有些格子里有武将存在,上去后要击败格子上的武将才能继续前进。如果自己的实力高出敌人很多可以把助战卡留着,因为最后一个格子里的武将实力很强。
每次挑战最多只能用两张助战卡,而且不能是同一类型的,使用助战卡打败敌人后才会被消耗。如果使用了助战卡仍然失败,那么助战卡不会有损耗,每个区域里获得的助战卡只能在本区域里使用。每个区域的进度隔一段时间后会重置,此时助战卡也会跟着被清空。每个格子里的守将可以挑战三次,如果三次还是无法击败他需要等到第二天,因为下一天会增加一次挑战次数。在同一个区域里战斗会共享武将的血量,也就是说如果在打败一个格子里的武将时让我方的武将损失了很多的血量,那么挑战下一个格子仍然会以残血的状态进场。
但是当这个区域的进度重置或者通关这个区域时可以让武将的血量变成满血,以最好的状态重新挑战一个区域。打败格子上的武将可以得到神武腰牌,它是神武商店里的专属货币。在每个区域里的第六层里有宝图残卷,用它可以去寻宝,随机得到普通宝藏或者最终宝藏。每个寻宝地点都有四个普通宝藏,但是最终宝藏只有一个,拿到后地图会重置。